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在研究杂交水稻过程中袁隆平遇到的困难如下：
一、找“雄性不育植株”如“大海捞针”
1964年6月20日，袁隆平在理论论证和研究的基础上，迈出了杂交水稻实验的第一步：寻找雄性败育的水稻植株，要找到一株这样的稻苗犹如大海捞针。
六年过去，袁隆平跑遍了半个中国。最后，他带着科研小组来到了天涯海角—海南岛的南江农场。功夫不负有心人，他的助手李必湖在一条杂草丛生的水沟里，终于发现了一株雄蕊花粉败育的野生稻。
二、西方舆论的压力
水稻杂交是一项世界性大课题，难度非常大。外国许多有过这种设想的研究人员经过努力都放弃或中断了研究。不少西方学者断言：“搞杂交水稻是对遗传学的无知。”但是，神农氏的子孙袁隆平，偏偏要啃这块“硬骨头”。
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袁隆平的主要贡献：
1、袁隆平在中国率先开展水稻杂种优势利用研究。在他撰写的第一篇论文《水稻的雄性不孕性》中，提出了：“要想利用水稻杂种优势，首推利用雄性不孕性”。
他的理论与研究实践是对经典遗传学理论的挑战，否定了水稻等“自花授粉作物没有杂种优势”的传统观点，极大地丰富了作物遗传育种的理论和技术 。
2、袁隆平解决了三系法杂交稻研究中的三大难题：
一是提出用“野生稻与栽培稻进行远缘杂交”的技术方案，终于找到了培育雄性不育系的有效途径，于1973年实现了不育系、保持系和恢复系的“三系”配套。
二是育成强优势的杂交水稻“南优2号”等一批组合，并在生产上大面积应用，成为世界上第一位成功利用水稻杂种优势的科学家。
三是突破了制种关，过去的研究认为，水稻异交率仅2.4%，杂种一代种子产量极低，离生产要求相距甚远；国际水稻所1971年开始研究，1973年放弃，原因也就是当时在该所没有人相信可以解决制种难题。而袁隆平领导的课题组成功地解决了这一难题，制种产量逐渐提高，现在高的已达亩产300公斤以上。
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